《星际迷航：发现号 第一季》故事发生在《星际迷航：原初系列》的十年前。主角迈克尔·伯纳姆是一名星舰军官，她因违抗命令导致克林贡人挑起战争。战争爆发后，迈克尔被囚禁，后被赦免并加入“发现号”星舰。“发现号”配备了能实现瞬间移动的孢子驱动器，这一技术也成为各方争夺的焦点。在探索宇宙的过程中，“发现号”船员遭遇各种奇异星球和外星种族，他们不仅要应对克林贡人的持续威胁，还要解开孢子驱动器背后的秘密。迈克尔在一系列事件中不断成长，逐渐理解了责任与使命的真正含义，带领“发现号”船员一次次化险为夷，为和平而战。