《天华百剑～欢迎来到铭治馆!～》的故事围绕着铭治馆女子学院展开。在这个学院里，少女们与寄宿着灵魂的刀剑一同生活。主角们包括开朗活泼的岩融，她总是充满干劲地面对各种挑战；还有冷静沉稳的三日月宗近等。学院中有着严格的训练和各种活动，少女们需要不断提升自己与刀剑的契合度。在一次重要的剑术比赛前夕，大家都紧张地进行着特训。然而，此时学院里却出现了神秘的捣乱者，破坏训练设施，试图干扰比赛。少女们团结一致，凭借着与刀剑的默契配合，一边调查捣乱者，一边坚持训练。最终，她们不仅揪出了幕后黑手，还在比赛中取得了优异的成绩，展现出了坚韧不拔的精神和深厚的友谊。