《纸箱战机W》围绕着少年龙崎海展开。龙崎海拥有着对纸箱战机的热爱与天赋，他所在的世界里，纸箱战机对战是备受瞩目的活动。海结识了许多志同道合的伙伴，像飞鸟真等人，他们一起组成战队，为了在各种比赛中取得胜利而努力。在不断的对战过程中，他们遭遇了形形色色的对手，有实力强劲、性格高傲的敌对战队，也有使用特殊战术的神秘选手。海和伙伴们一边升级改造自己的纸箱战机，提升其性能，一边摸索应对不同对手的策略。随着故事推进，他们逐渐揭开了隐藏在纸箱战机对战背后的巨大阴谋，为了守护对战的公平与正义，海和伙伴们凭借着勇气与智慧，与邪恶势力展开了一场又一场惊心动魄的较量。