《玛德莱克丝》的故事围绕着少女玛德莱克丝展开。她是一名职业杀手，在执行任务时冷静果断、身手不凡。一次偶然的机会，玛德莱克丝遇到了失忆少女海涅，出于同情与善良，玛德莱克丝决定保护海涅。随着相处，两人建立起深厚的情谊。然而，她们的生活并不平静，背后隐藏着复杂的阴谋与秘密。玛德莱克丝所在的杀手组织有着不可告人的目的，而海涅的身世也迷雾重重。在探寻真相的过程中，她们不断遭遇危险与挑战，既要面对组织的追杀，又要解开身世谜团。玛德莱克丝凭借着自身的能力和勇气，一次次化险为夷，与海涅携手在充满阴谋与危险的世界中寻找属于她们的答案。