《黑血兄弟》故事设定在 2095 年，日本横滨被划分成了特区，成为了吸血鬼的避难所。主人公间宫林太郎是一名拥有吸血鬼血统的人类，同时也是一名赏金猎人。他和吸血鬼弟弟间宫奏马一起生活。此时，一群来自美国的吸血鬼为了寻找能让吸血鬼在阳光下活动的“潘多拉之血”来到横滨。他们在城市中肆意妄为，引发了一系列暴力事件。林太郎受委托调查此事，在这个过程中，他与美国吸血鬼势力发生了激烈冲突。而奏马也被卷入其中，兄弟俩面临着亲情与使命的艰难抉择。在不断的战斗和危机中，他们逐渐揭开了“潘多拉之血”背后隐藏的巨大阴谋。