《糟糕，我和女总裁灵魂互换了》围绕着平凡青年和高冷女总裁展开。平凡青年每日为生活奔波，工作上常被同事欺负，生活也是一团糟。而女总裁则是职场上的铁娘子，能力出众但性格强势。一次意外，两人灵魂互换。青年进入女总裁身体后，要应对公司复杂的业务和勾心斗角的职场斗争，他在这个过程中逐渐展现出自己善良和机智的一面，还发现了公司内部的一些阴谋。女总裁身处青年的生活环境，体验到了平凡人的酸甜苦辣，也开始反思自己过去的生活方式。在努力换回身体的过程中，两人相互理解，渐生情愫，最终不仅换回了身体，还收获了爱情，同时也解决了公司的危机。