《再见我的锦衣卫哥哥》围绕着女主角与锦衣卫哥哥展开一段曲折动人的故事。女主角自幼与锦衣卫哥哥相依为命，锦衣卫哥哥武艺高强、冷峻威严，在朝廷中执行着各种危险的任务。然而，平静的生活因一场阴谋被打破，哥哥被卷入权力斗争的漩涡，背负上莫须有的罪名。为了证明哥哥的清白，女主角踏上艰难的调查之路，在这过程中，她遭遇重重困难，也结识了一些志同道合的朋友。他们一起抽丝剥茧，逐渐揭开阴谋背后的真相。随着真相浮出水面，女主角和哥哥面临着最终的抉择，是继续与黑暗势力对抗，还是选择隐退江湖，而他们之间深厚的情感也在这场风波中得到了升华。