《我的恋人两千岁》围绕着现代女孩苏瑶和两千岁的古代将军林羽展开。苏瑶在一次意外中唤醒了沉睡两千年的林羽，林羽从古代穿越到现代，面对陌生的世界一脸茫然，而苏瑶则成为他在这个时代的引路人。林羽保留着古代的行事作风和忠勇侠义，他努力适应现代生活的同时，也用自己的方式保护着苏瑶。然而，他们的感情之路并不平坦，林羽的突然出现引来了神秘组织的关注，这个组织妄图利用林羽的特殊能力达成不可告人的目的。苏瑶和林羽在一次次的危机中相互扶持，感情逐渐升温，他们能否携手对抗神秘组织，在现代社会续写这段跨越两千年的爱恋呢？