《装甲骑兵 佩尔森档案》的故事发生在遥远的未来，人类已在宇宙中开拓了众多殖民地。故事聚焦于主人公吉尔·尼科尔，他原本是一名普通的装甲骑兵。在一次任务中，吉尔所在的部队遭遇了神秘的敌人，部队几乎全军覆没，只有他侥幸逃生。此后，吉尔被卷入了一场巨大的阴谋之中。他发现这场战争背后隐藏着高层的利益博弈，所谓的敌人或许只是被利用的棋子。为了查明真相，吉尔一边躲避着追杀，一边在各地寻找线索。在这个过程中，他结识了一群志同道合的伙伴，他们一起驾驶着装甲骑兵，在战火纷飞的世界中为了正义和真相而战，不断与各种敌人展开激烈战斗，逐渐揭开了阴谋背后的惊人秘密。