《青蛙军曹第三季》延续了前作的搞笑风格，继续围绕着来自 K隆星的宇宙侵略者 Keroro 军曹及其小队展开。Keroro 依旧热衷于收集模型，时常因沉迷其中而忘记侵略地球的任务。冬树和日向姐妹对这群外星人的态度复杂，时而被他们的搞怪行为气得跳脚，时而又与他们建立起别样的情谊。在这一季中，他们遭遇了更多新奇的事件。比如 Keroro 军曹不小心启动了神秘装置，导致众人穿越到不同的时空，在各个历史时期闹出了不少笑话。还有一次，他们要应对突然出现的强大外星势力，在合作对抗敌人的过程中，彼此的关系更加紧密。每一集都充满了无厘头的搞笑情节和温馨感人的瞬间，展现了这群外星人与人类之间奇妙的互动。