《妖怪学园Y～与N的遭遇～》围绕着神秘的妖怪学园展开。主角们身处这所充满奇幻色彩的学园中，这里妖怪们与人类学生共同学习生活。在学园里，主角偶然遇到了神秘的N。N身上似乎隐藏着不为人知的秘密，他的出现打破了学园原本看似平静的日常。主角开始对N产生好奇，试图揭开他的真实身份。随着与N接触的增多，一系列奇异的事件接连发生。妖怪们的能力在这些事件中一一展现，有的能操控元素，有的拥有心灵感应。主角和伙伴们在探寻N秘密的过程中，也逐渐发现了学园背后更深层次的阴谋，他们必须团结起来，运用智慧和勇气，解开谜团，守护妖怪学园的和平。